ABSTRACT
Objectives: To develop a computational tool for NEURON simulation environment, user friendly, to store the results generated during simulation and to make subsequent analysis with other tools such as Matlab and IgorPRo Materials and Methods: Data Exporter was implemented in the programming language hoc. This algorithm is divided in 13 sections or blocks. The first section is necessary to edit in a new simulation. These new configuration determine the geometry, biophysic properties the neurons to simulate and path to save data. Results: To check the efficiency of the algorithm, we simulated the propagation of action potential in TRN(thalamic reticular nucleus) neuron in different large of simulation. We determine that the time of simulation is linear respect to time of simulation. Conclusions: Data Exporter makes easier to start to neural simulation in NEURON reducing the steps of programming to geometry and biophysical properties of the neuron and to allow save data to next steps of analysis.
Objetivos: Desarrollar una herramienta computacional en ambiente lenguaje de programación hoc de NEURON y de fácil uso, que permita el rápido almacenamiento de los resultados obtenidos para su posterior análisis en otros software tales como Matlab or IgorPro. Materiales y métodos: Para el desarrollo de Data Exporter se escribió un algoritmo en lenguaje de programación hoc de NEURON. El algoritmo, escrito en un único archivo de texto, esta dividido en 13 bloques, de los cuales solo el primero debe ser modificado para adaptarlo a una geometría y biofísica neuronal particular y para determinar la ruta de almacenamiento de los datos. Resultados: Se desarrollo un software que simula la propagación de potenciales de acción a través de geometrías neuronales complejas. El uso de esta herramienta permite el almacenamiento de los resultados obtenidos, como potenciales y corrientes de membrana en diferentes puntos de toda la neurona, sin incremento significativo en el tiempo para el desarrollo de los procesos. Conclusiones: Data Exporter es un software que le da mayor flexibilidad a NEURON facilitando el acceso a nuevos neurocientíficos, los cuales pueden usarlo con solo conocer los códigos necesarios para el desarrollo de los archivos relacionados con las propiedades geométricas y biofísicas neuronales.